Die Gründungszeit des Ortes ist unbekannt. Im 11. Jahrhundert wird Harspelt erstmals urkundlich erwähnt. Schon im 12. Jh. ist eine Pfarrkirche mit Pfarrhaus belegt. Damit dürfte Harspelt mit zu den ältesten Siedlungen der Westeifel gehören.
Nach der Kirchenchronik kommt Harspelt im 16. Jh., „als die Burg zu Ouren (belgischer Nachbarort ca. 2 km entfernt) gebaut wurde, teils als Lehen von der Abtei Prüm und teils von den Grafen von Vianden (Luxemburg) an die Herren von Ouren“. Die damaligen politischen, territorialen und administrativen Verhältnisse waren sehr vielfältig. Das Gebiet lag im Spannungsfeld der Einflüsse weltlicher und geistlicher Machthaber, allen voran des Kurfürstentums Trier und des Herzogtums Luxemburg. Mit einem Bestand von 13 Stockhäusern ist ist Harspelt um 1626 eines der bedeutenderen Dörfer im Eifelraum. In den Pestperioden zwischen 1626 und 1680, denen im Herzogtum Luxemburg mit 120.000 Menschen rund 3/4 der Bevölkerung zum Opfer fallen, sterben in Harspelt vier Stockhäuser völlig aus, in neun überleben jedoch die Menschen.
Im ausgehenden 18. Jh., das insgesamt eine Zeit des Friedens und bescheidener wirtschaftlicher Blüte brachte, gehörte Harspelt als eigene Meierei (Verwaltungsbezirk) zur Herrschaft Dasburg im luxemburgischen Quartier Vianden. 1785 greift ein im Pfarrhaus entstandener Kaminbrand auf das Dorf über, das fast völlig abbrennt. 1794 wird das Gebiet um Harspelt von französischen Revolutionstruppen besetzt. Nach dem Anschluss der österreichischen Niederlande an Frankreich gehört Harspelt zum Kanton Arzfeld, Bezirk Bitburg im „Wälder-Departement“. Bei der Neuordnung des Verwaltungsrechts entstehen die Bürgermeisterämter, wobei Harspelt eine eigene Mairie bleibt und Teile von Ouren mitverwaltet. In der französischen Zeit mit der Auflösung der Kleinstaaten und dem Ende der Grundherrschaft gehen die Stockgüter in den Besitz ihrer Bewohner über. Die Einwohnerzahl bleibt von Beginn des 19. Jh. bis Mitte des 20 Jh. mit etwa 100 – 120 Bürgern konstant.
1815 wird das Gebiet als Bestandteil der Rheinprovinz preußisch. Die Einteilung in Kreise löst die historische Beziehung zu Ouren, das als südlichste Gemeinde des Regierungsbezirkes Aachen im Kreis St. Vith (nach 1820 Malmedy) verbleibt, während Harspelt an den Kreis Prüm fällt und damit zum Regierungsbezirk Trier gehört. Das 19. Jh. ist geprägt von einer Reihe von Notjahren zwischen 1816 und 1854, um 1870, sowie dem sog. „Eifelnotstand“ um 1884/85. Trotzdem liegen Berichte über Auswanderungen, die in den 1840er und 1890er Jahren zur Entvölkerung des Kreises führten, für Harspelt nicht vor. Mitte des 19. Jh. kommt die ehemals eigenständige Bürgermeisterei Harspelt zur Bürgermeisterei Leidenborn. 1918 fällt der Kreis Malmedy an Belgien, das in der Gemeinde Ouren die einzigen westlich der Our gelegenen Gebiete besitzt. Wegen der Zugehörigkeit zum Kreis Prüm verbleibt Harspelt im Deutschen Reich.
Im 1. Weltkrieg bleibt Harspelt unbeschädigt, die Zerstörungen im 2. Weltkrieg sind jedoch umso schlimmer. Die Bewohner werden wiederholt evakuiert. Zwar entgeht der Ort dem geplanten Abbruch im Rahmen des Westwallausbaues, doch die Hoffnung auf einen schnellen Einmarsch der Amerikaner 1944 endet – wie für viele Gemeinden im Bereich des Westwalls – im Granatfeuer der deutschen Truppen.
Mit Auflösung der Bürgermeisterei Leidenborn gelangt Harspelt zunächst zum Amt Daleiden-Leidenborn und gehört heute zur Verbandsgemeinde Arzfeld.